সামরিক ক্ষেত্রে প্রবল পরাক্রমশালী হওয়ার পর জেনিসারী নেতৃবৃন্দ রাজনৈতিক ক্ষেত্রেও প্রভাব খাটাতে থাকেন। সৈন্যদের রাজনৈতিক সংশ্লিষ্টতা ধীরে ধীরে বৃদ্ধি পেতে থাকে। একসময় তারা সুলতান নির্বাচনেও হস্তক্ষেপ করা শুরু করে। সুলতান তৃতীয় সেলিম নিজাম-ই-জাদিদ নামের নতুন আরেকটি বিশেষায়িত সেনাদল গঠন করলে জেনিসারীরা শংকিত হয়ে পড়ে। তাদের নতুন প্রতিদ্বন্দ্বী দলের আবির্ভাবে জেনিসারীদের প্রভাব খর্ব হয়ে যাওয়ার সম্ভাবনা সৃষ্টি হয়। যার ফলে তারা এ বাহিনীর বিরোধিতা করে। তাদের প্রবল বিরোধিতার ফলে সুলতান বাধ্য হয়ে নতুন এ দল বিলুপ্ত করে দেন।

দ্বিতীয় মাহমুদ সেনাবাহিনী সংস্কারের পদক্ষেপ গ্রহণ করলে আরেক দফা বিক্ষোভ করে বসে জেনিসারীরা। দ্বিতীয় মাহমুদ এবার কঠোর এক সিদ্ধান্ত গ্রহণ করেন। তার গোলন্দাজ বাহিনীকে জেনিসারীদের ব্যারাক ধ্বংসের আদেশ দেন। ১৮২৬ সালে গোলন্দাজ বাহিনীর আঘাতে জেনিসারীদের ব্যারাক ভস্মীভূত হয়ে যায়। দূর্গে অবস্থান নেয়া জেনিসারী সৈন্যের সবাইকে দূর্গসহ ধ্বংস করে দেয়া হয়৷ অবশিষ্টদের বিচারের আওতায় এনে মৃত্যুদণ্ড প্রদান করা হয়৷ আর এরই সাথে সমাপ্ত হয় অটোমান সালতানাতের গর্বের ধন জেনিসারী বাহিনীর গৌরবোজ্জ্বল অধ্যায়।